《生化兵器》的故事发生在遥远的未来，由于生化武器的蔓延，人类几乎走近了边缘，而在此期间，据说在一片叫做特洛依的大陆上居住着一群高智商高技能的神民， 不过随着时间的流逝，他们离开了曾经生活着的富庶的国度。为此，大陆上的人族、魔族、兽族以及机械体开始寻找特洛依以及依然生存着的神民，与此同时，各族之间也接连不断的产生了战争。
在游戏中玩家所扮演的是人类的一名近卫队长，在大王子继承了王位之后，二王子法哈帝很快就进行了谋反起兵，并将原所居住的多罗多岛一分为二，成立了第四帝国。与此同时，原军师哈普古德亦从宫廷神秘的消失了。在某一天，主角收到了刺杀自己的恩师——军师的密令，在接到密令的一刻起，主角的整个人生即产生了变化，与自己当初所梦想的全部背道而驰。而在职责与道义二者之间，作为主角的你又将何去何从。
