在《马里奥vs大金刚2》中玩家将扮演身为玩具工厂主任的马里奥，设法将永远的死对头大金刚所偷走的“迷你马里奥”玩偶找回来。本游戏的类型为益智动作游戏，游戏中每个世界共分为四大关卡，一为在时间限制内找到过关的钥匙的“搜寻关卡”，二为取回被偷走的“迷你马里奥”的“救出关卡”，三为诱导迷你玛俐欧回到玩具箱的“迷你马里奥关卡”，最后则是与大金刚对决的“大金刚关卡”玩家必须靠马里奥的招牌跳跃、头顶、攀登等行动，以及利用输送带与铁锤等道具来突破重重关。
游戏的关卡以6个世界所构成，包括丛林、火山、工厂等40个以上的舞台，。当玩家全破之后还会继续出现难度更高的第二轮回以及更多关卡，非常具有挑战性.
