主要讲述了一个这样的故事：在第四次圣杯战争发生10年后，冬木市又一次掀起了战争。被偶然选上的御主卫宫士郎终于下定决心参战。陪伴在士郎的身边的是仰慕他的少女——间桐樱。孑然一身的她和士郎度过了平稳而又温情的日常。但是随着战争的开始，冬木市街道上到处发生着杀人事件，充满着阴谋的味道。士郎召唤出从者Saber的同时，和身为正统魔术师的远坂凛结盟面对圣杯战争。但是，这场战争由于某些人的暗中策划而发出不和谐音，开始变得扭曲了……