作为《神奇宝贝》系列的一部分，《口袋妖怪》系列一直深受玩家的喜爱，而作为该系列外传性质的作品，《口袋妖怪：空之探险队》则给玩家带来不一样的迷宫探险。在这次的作品中，玩家可以扮演的主人公达到19个，同时还新增了21种伙伴型怪兽。另外，更多的新增冒险剧本等着玩家去探险哦！
新的世界：游戏开始的心理测试依然不会改变。 场景大家都熟悉，看来地点没有改变，胖可丁行会。依然是玩家控制着一只pm和搭档的冒险。 剧情依然围绕着森林蜥蜴窃取了重要的道具，时之齿轮,主角和搭档去拯救这个世界。
新的剧情：新增5个特殊章节，以非主角人物为队长，展开不一样的冒险。分别以龅牙狸、宝宝丁、女郎兔、向日花怪、森林蜥蜴为主人公。
新的系统：体型系统。在空之探险队里，每只口袋妖怪有对应的体型，一般迷宫允许体型总和不超过6星的探险队进入，所以在进入迷宫时要注意探险队的体型总和。
暴风雨的大海，电闪雷鸣。
主角倒在沙滩上昏迷不醒。
一只精灵站在公会门口想进去，但听见里面传出“谁的脚印”的声音，慌忙逃走。这只精灵失望地来到海滩.发现了倒在地上的主角。
醒来的主角发现,自己居然从训练师变成了口袋妖怪!那只精灵上前询问主角姓名.背后突然出现超音蝠和瓦斯,超音蝠狠狠地一撞,搭档倒在地上,神秘的石头滚落到一旁.超音蝠迅速抢走石头逃向海岸岩洞。那只精灵不甘心地站起来,询问主角是否愿意组成一支探险队.（选择第一项）主角欣然同意.于是两人成为临时搭档。
第一个迷宫：海岸洞穴
第一个Boss，BOSSHP都在30一下，尽量用技能打，为后面积攒一个爆炸种子。实在不会用种子炸掉一个也可以。
我们来到公会，接受完脚印鉴定后被允许进入。音符鹦鹉把我们带到老大胖可丁的房间，进行注册。劳累的主角和搭档美美地睡上一觉。第二天早上，被噪音怪叫醒 。
早晨集会后，主角一行被龅牙狸带着参观整个宝物镇。路过变隐龙的商店时和变隐龙对话，这时玛丽路和了露莉路兄弟在商店里买了个大苹果。两人一蹦一跳地离开。突然露莉路滑了一跤，手中的苹果也滚落到地上。主角捡起苹果还给露莉路。这时主角突然有一阵奇怪的感觉，问变隐龙，可是变隐龙兄弟却没反应。
回到行会路过广场时，主角看见玛丽路兄弟正和素利普交谈，一道光闪过，主角居然看见素利普正在某个山顶恐吓露莉路。这是怎么回事呢？主角和搭档回到行会，地鼠领着他们去看委托任务栏。左边的公告版是找寻任务，而右边是抓捕任务。地面猛地一震，只见抓捕任务版上赫然挂着素利普的头像。我们走出行会，去找玛丽路，得知素利普去了荆棘山。难道刚才的预感是真的？不管那么多先救人要紧。
